prototype.js минус браузер
Изначально задачей разработчиков prototype было улучшить сам язык. Добавить в него синтаксического сахара, используя существующие возможности javascript, в конечном итоге приближая к ruby. Естественно, при этом решались и проблемы кроссбраузерности, но не они были основными.
Недавно в их листе рассылки увидел своеобразное подтверждение того, насколько хорошо им это удалось: Non-browser version of Prototype.js. В этой теме один программист рассказывает, как их компания использует prototype в своём серверном javascript, а другой — о подключении библиотеки к скриптам для Windows Scripting Host.